拆迁补偿协议应该在 房屋征收部门备案。具体来说,拆迁补偿协议是一式两份,由房屋征收部门与被拆迁人各持一份,因此协议在房屋征收部门是有备案的。如果需要查询或核对拆迁补偿协议,可以前往当地房屋征收部门进行查询。