离婚时有两个孩子的情况下，通常有以下几种处理方式：
双方可以就孩子的抚养问题协商一致，并签订书面离婚协议。
协议中应明确双方对子女抚养、财产分割、债务分担等问题的共识。
双方携带身份证、结婚证和离婚协议书到婚姻登记机关申请离婚。
如果双方无法就孩子的抚养问题协商一致，可以通过法院提起离婚诉讼。
法院在判决时会考虑孩子的年龄、性别、健康状况、生活习惯以及父母的抚养能力和条件。
通常情况下，法院会判决一方抚养一个孩子，但具体判决会根据案件具体情况而定。
对于两周岁以下的子女，一般原则上由母亲抚养；两周岁到十周岁之间的子女，法院会按照最有利于子女成长的原则判决；十周岁以上的子女，法院会征求孩子的意见。
如果一方不适合抚养孩子，例如有吸毒、赌博等恶习，法院也可能将两个孩子都判给另一方。
若已满八周岁的子女愿意随另一方生活，且有抚养能力，法院可能会考虑这一因素。
其他正当理由，如父母双方协商一致或一方有更好的抚养条件等，也可能影响抚养权的判决。
在处理离婚案件时，法院的首要考虑因素是最有利于未成年子女的身心健康和权益保护。因此，无论是协议离婚还是诉讼离婚，双方都应以孩子的最佳利益为出发点进行协商和处理
