如果您在日本丢失了护照，可以按照以下步骤补办护照：
首先，到丢失护照的附近警察交番处报案，不需要到警察署。
获取丢失护照的经过的挂失笔录，并复印几份作为备用。
向警察署索取出具的证明。
获取登录原票记载事项证明书（由所在地区役所出具，3个月内有效）。
携带外国人登录证原件及复印件。
准备2张3×4cm的证件照，背景要求为彩色无黑白。
详细写明丢失经过，包括原护照的发照单位、时间、护照号码及出入境等情况。
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》。
携带上述材料前往中国驻日本大使馆申请补办护照。
从申请日期起，三个月后可以向大使馆询问办理情况和进度。
补办完护照手续后，接到通知可持领证单按指定时间领取护照。
在补办护照期间如需使用护照，可以申办旅行证。
补办完护照后，带上办理签证时所需的手续到日本入国管理局说明情况补办签证。
请注意，补办护照的费用和具体流程可能会有所变动，建议直接咨询中国驻日本大使馆获取最新信息。
