虚抵增值税是一种违法行为，根据相关法律规定，应当采取以下措施进行处理：
一旦发现存在虚抵增值税的情形，企业和个人应当立即停止违法行为，并主动改正错误。
如果企业是善意取得虚开的增值税专用发票，可以采取以下措施：
重新从销售方获取防伪税控系统开具的合法且有效的专用发票。
取得手工开具的合法有效专用发票，并且取得销售方所在地税务机关已经或正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处的证明。
在满足上述条件的情况下，购货方所在地税务机关应当依法准许抵扣进项税款或者办理出口退税。
对于恶意虚抵发票的行为，税务机关将追缴其未缴纳或者少缴纳的税款以及滞纳金，并且处以未缴纳或者少缴纳税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
如果虚抵增值税的行为构成犯罪，将会依法追究刑事责任。
税务机关通过稽查、检查等方式，调查核实纳税人取得的增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票是否存在虚开情况。
如果调查核实确属虚开，税务机关应当作出追缴其已抵扣的进项税额的决定，并送达纳税人。
纳税人应当在收到追缴决定之日起15日内缴纳追缴的进项税额。如果纳税人拒绝缴纳，税务机关可以依法采取加收滞纳金、强制征收、行政处罚以及追究刑事责任等措施。
存在虚开增值税专用发票行为的企业，应当积极采取补救措施，可以从轻或者减轻处罚。犯罪较轻的，可以免除处罚，但要求补缴税款。
收票方可以凭补交税款的凭证向虚开方追索，如果追索不成，可以直接向所在地的人民法院提起诉讼，责令虚开方赔偿损失和承担后果。
建议
及时咨询税务机关：企业和个人在发现虚抵增值税的情形后，应当立即咨询当地税务机关，了解具体的处理程序和可能的后果。
积极配合调查处理：在税务机关调查过程中，企业和个人应当积极配合，提供必要的证据和资料，以便尽快解决问题。
加强内部控制：企业应当加强内部控制和财务管理，防止类似违法行为的发生。
通过以上措施，可以尽量减少虚抵增值税带来的法律风险和财务损失。
